Intorno al 2160 l'umanità avvio una colonizzazione aggressiva dei pianeti del Confine di Skyllian, una regione occupata e sviluppata decenni prima dai Batarian. Nel 2171, questi ultimi chiesero al Consiglio di considerare il Confine una "zona di interesse batarian". Il Consiglio pero si oppose, affermando che i mondi non occupati della regione potevano essere colonizzati liberamente dagli Umani.In segno di protesta, i Batarian chiusero le proprie ambasciate sulla Cittadella e terminarono qualsiasi relazione diplomatica con il Consiglio, diventando di fatto una specie ribelle. Quindi fomentarono una guerra nel Confine fornendo denaro e armi alle organizzazioni criminali della zona, incitandole ad attaccare le colonie umane.
Le ostilità raggiunsero il culmine con "l'Assalto di Skyllian" del 2176, in cui una flotta di pirati e schiavisti appoggiata dai Batarian attaccò la colonia di Elysium, capitale umana della regione. Nel 2178 l'Alleanza si vendicò sferrando un violento assalto contro la luna di Torfan, usata da tempo come base logistica dai gruppi criminali finanziati dai Batarian. In seguito i Batarian ripiegarono nei propri sistemi, e oggi vengono visti di rado nello spazio della Cittadella.
